1980年6月，马思聪胞弟夫妇应中国文化部邀请，在北京和上海举办独奏音乐会。统战部部长乌兰夫接见，并请转达对马思聪夫妇回国的邀请。当年7月，小女儿马瑞雪准备经香港赴美国探亲，马思聪即让夫人王慕理回电话：不要来了，国庆在北京见。王慕理转达马思聪的话：国家不是房子，房子住旧了，住腻了，可以调一间，祖国只有一个。
1985年1月25日，中央音乐学院根据文化部、公安部的批复，公布《关于给马思聪先生彻底平反的决定》，2月12日正式致函马思聪本人，此时距马思聪出走已整整十八年。3月1日，马思聪的作品开始在广播电台播出，“马思聪”不再是一个回避的名字。
马思聪被平反后心情非常激动，他准备于当年秋季返回大陆访问，甚至一度有过回国定居的想法。与此同时，尚与大陆处于敌对关系的台湾方面，却加紧了对马思聪的“劝告”，台湾《世界日报》曾发表《寄语马思陪》的社论，《青年日报》也发表了《马思聪强调绝不会回去》等文章，加上一年前《中央日报》刊登的《马思聪绝不会再上恶当》等，可以相见，台湾当局对马思聪归国的密切关注。1986年，马思陪一家赴台湾过春节，受到“总统”蒋经国、“行政院长”俞国华、“教育部长”李焕等政要接见，1987年3月8日，他患肺炎入院，又发心脏病，5月19日在费城做手术，因心脏严重钙化手术失败，20日凌晨溘然长辞。
2007年12月，马思聪、王慕理夫妇的骨灰由儿子马如龙迁回广东，安葬在白云山麓，与他结邻的，是他的好友冼星海。
